Kelas endonucleases yang cleaves DNA selepas menyedari satu turutan tertentu, misalnya, Bam H1 (5´GGATCC3´), dIII RI eko (5´GAATTC3´), dan Hin (5´AAGCTT3´). Terdapat tiga jenis enzim endonuclease sekatan:

I: jenis luka bebas khusus dalam jarak yang lebih besar daripada 1000 bp dari turutan pengiktirafan yang dan mengandungi sekatan dan methylation aktiviti.

Jenis II: luka pada atau berhampiran pendek, dan sering palindromic (q.v.), pengiktirafan jujukan. Enzim berasingan methylates jujukan pengiktirafan yang sama. Mereka boleh membuat potongan di strands DNA dua betul-betul bertentangan dengan satu sama lain dan menjana hujung tumpul, atau mereka boleh membuat potongan berperingkat-peringkat untuk menghasilkan hujung yang melekit. Enzim sekatan jenis II adalah orang-orang yang dieksploitasi dalam teknologi recombinant DNA.

Jenis III: luka bp 24-26 Hilir dari jujukan pendek, asimetri pengiktirafan. Memerlukan ATP dan mengandungi sekatan dan methylation aktiviti.